水土流失重点预防区和重点治理区管理是水土保持工作的重点，也是《水土保持法》《浙江省水土保持条例》规定的法定职责。浙江省水利厅在联合省发改委会向全社会公告了浙江省水土流失重点预防区和重点治理区后，立即着手研究水土流失重点预防区和重点治理区管理相关工作。

        2016年11月，浙江省在省级水利建设与发展资金中列支专项资金用于水土流失这点预防区和重点治理区管理，其中对涉及国家级水土流失重点预防区的县（市）补助15万元，对涉及省级水土流失重点预防区和重点治理区的县（市）补助10万元。

        2017年4月，浙江省水利厅印发了《关于加强全省水土流失重点预防区和重点治理区管理的通知》，明确了省级以上水土流失重点预防区和重点治理区管理要求。

        浙江省水土流失重点预防区和重点治理区管理制度主要包括六方面内容。

        一是落实考核制度。浙江省水利厅认真落实《水土保持法》《浙江省水土保持条例》相关要求，进一步推动地方政府水土保持目标责任制与考核奖惩制度全面落实。2016年，在原来依托“生态省”建设对水土保持工作进行考核的基础上，选取新昌、永康等地开展地方政府水土保持目标责任制考核试点，2017年在总结试点经验的基础上，浙江省已将水土保持目标责任制纳入最严格水资源管理制度考核,2018年省政府办公厅正式印发了《浙江省水土保持目标责任制考核办法》，标志着我省水土保持目标责任制考核专项制度正式建立。

        二是分解落实责任。水土保持是一项综合性工作，需要得到各有关政府组成部门的密切配合和大力支持。浙江省水利厅，依托省水资源和水土保持委员会平台，协调省级各有关部门按照职责做好水土保持工作，加强水土流失重点预防区和重点治理区管理，发挥各级政府在队伍建设、规划实施、资金保障、组织发动等方面的主导作用。

        三是规范开发建设。浙江省各市、县（市、区）结合当地实际，探索建立了一系列生产建设项目避让水土流失重点预防区和重点治理区生态红线管控机制。淳安县将水土流失重点预防区和重点治理区管理与千岛湖管理相结合，制定出台了《关于加强沿湖沿线规划管控的若干意见》，进一步规范了重点区域的生产建设项目管理。

        四是严格项目监管。对于占地面积五十公顷以上或者挖填土石方总量五十万立方米以上的生产建设项目，重要涉及国家和省水土流失重点预防区和重点治理区的，其水土保持方案由省水利厅负责审批，督促建设单位提高标准，优化施工工艺，减少地表扰动和植被损坏范围，有效控制可能造成的水土流失。应用生产建设项目水土保持“天地一体化”监管手段，严格事中事后监管，全面落实水土保持“三同时”制度。

        五是加强宣传教育。浙江省将水土流失重点预防区和重点治理区管理纳入水土保持宣传教育的主要内容，在水土保持国策教育进党校、进课堂、进社区等不同场合下，开展形式多样的宣传活动。相关县（市、区）水利部门按照的省水利厅编制的《浙江省级以上水土流失重点预防区和重点治理区标识牌制作指南》，在土流失重点预防区和重点治理区的显著位置设立标示标牌，将范围四至、管理要求、监督电话等向社会公告，形成了全民参与管理的良好局面。