安塞站设有站长一名，副站长两名，科研秘书、行政主管、财务主管和后勤主管各一名。作为水土保持研究所一个重要的管理机构和研究单元，根据上级主管部门的需求，园区坚持制度化和规范化管理，制定了多项管理规章制度，形成了一套完善的管理体系。管理规章制度总体包括日常行政管理、课题管理、科研管理、仪器设备管理、研究生条例、数据管理等，规范化管理为试验站的正常运转提供了重要保证。 作为中国科学院生态系统研究网络台站、科技部国家重点野外台站、西北农林科技大学野外教学实习基地以及水土保持研究所的重要创新单元。中国科学院、科技部、西北农林科技大学和水保所每年均向园区投入较为稳定的运行经费。同时，作为重要的野外科研平台和人才培养基地，安塞站通过积极申报科研课题，开展广泛的科研协作，打造教学、培训和实习基地，开展水土保持技术培训，创造一定的经济效益，保证了园区的正常运行和对外开放。