神木站站设置站长1人，副站长2人。站长全面负责试验站的工作，副站长负责仪器监测、运行和日常管理。设有站办公室，专人负责行政、后勤管理，与长期定位试验的日常监测及数据管理人员分工协作。目前神木站已经与中国科学院地理科学与资源研究所、中国科学院生态环境研究中心、北京师范大学、大连理工大学、西安理工大学、西北农林科技大学等国内研究机构建立合作关系。2013年加入中国生态网络联盟。目前由主管单位中国科学院水利部水土保持研究所出资，保证站的日常运行。配备专职人员，确保数据监测的连续性和可靠性。神木站有专职数据监测和管理人员3人，2人主要从事气象数据和水分采集和管理，1人主要从事土壤、生物要素采集和分析。试验站建立了一套完整的数据采集、整理分析规章制度。试验站所有数据文档文件对外开放，数据文件根据不同数据类型对使用人员进行限制约束。