园区日常运作及经营管理则由青岛钱谷山有机农庄有限公司负责，设总经理1名，下设办公室、财务室、工程部等部门，有专职管理人员10名，合同制工人60名。即墨市水利局成立了园区管理站，负责园区整体规划及科培发展等工作，由水土保持监督管理站站长兼管理站站长，设专职工作人员3名。园区制定了工作制度、财务制度等6项规章制度，并明确各种管理责任制和奖惩办法等，已初步形成了一套长效的运行机制，保障了园区项目的实施和后续管理。