被称为北大荒的黑龙江垦区，“九五”期间加大生态环境的保护和治理力度，促进了国家级生态示范区建设。
“九五”期间，黑龙江垦区汲取开发建设初期单纯追求粮食产量，垦殖开荒给生态环境造成破坏的教训，采取了一系列保护和改善生态环境的举措。他们先后建立了１８个国家级、省级和农垦总局级自然保护区，还建立了自然保护地９５处，总面积达到７０５万亩，覆盖率为８．５８％。垦区还为自然保护区投资８００多万元，加强基础设施建设，使管理工作步入规范化轨道。洪河、长林岛、雁窝岛等自然保护区的建立，使原始生态系统、多样化的生物物种得以完好保存。特别是丹顶鹤、白鹤、白鹳、黑鹳等大批国际迁徙鸟类得以在保护区内生存与繁衍。
    黑龙江农垦总局还专门下发了《关于坚持可持续发展战略搞好生态建设和环境保护的决定》，停止一切湿地、草原垦殖和毁林开荒活动，并对重要湿地区域进行退耕，去年已退耕还湿地９７．３２万亩。同时，垦区大力开展国内与国际间的交流与合作，建立和完善垦区湿地、林地等生态环境流动项目库，得到国际组织的大量技术与设备援助。
     从１９９６年起，黑龙江垦区还积极探索和建设生态农业，已先后建立起１０个生态农业试验示范点。１９９９年国家环保总局批准垦区创建国家级生态示范区后，生态农业建设已在１０３个农牧场全面展开，预计全垦区２００２年可达到国家生态示范区二类地区的标准。目前，全垦区已建立有机食品和绿色食品生产基地２００多万亩，治理水土流失面积２１．３５万亩，治理盐渍化面积１９．３５万亩。经过多年努力，已建成农田防护林带６．７万条，４万多个网格护卫着３０００多万亩农田。垦区还营造水土保持林２２１万亩，防风固沙林５８．８万亩，治理冲刷沟４６０条。工业废水、废气治理率也分别达到９０％和９８％，主要污染物实现了达标排放。生态环境的优化，为垦区率先实现农业现代化奠定了坚实基础。