由互助县水利局成立由水保站站长任组长，副站长任副组的管理组，负责园区运行管理工作。园区通过水土流失综合治理项目及资金上予以配套和扶持，加之园区内苗圃育苗、种（养）殖收入，基本具有相对稳定的多渠道经费来源，基本保证了园区的正常运行，建立了长久、稳定的运行机制。园区从开始拍卖、建设、治理的过程，档案管理按照相关要求，实行专人、专柜、专案管理，对设计、规划、监测各项科技文本、影像资料进行归档，并建立了数据化管理。为保证下沙沟水土保持科技示范园的正常运行，管理单位制定了工作纪律管理制度、考核奖罚制度、物资管理制度、财务管理暂行办法、水电管理制度、车辆管理制度、巡逻值班制度、治安护林防火值班制度、防火管理办法、卫生管理制度等10项规章制度和办法，常年坚持、严格管理，确保了园区各项工作顺利进行，效益显著。