根据水利部办公厅《关于开展大中型生产建设项目水土保持执法检查和监督管理能力建设巡视活动的通知》（办水保[2010]98号）要求，2010年6月19日，由水利部牵头，铁道部、水利部珠江水利委员会和广东省水利厅等单位组成检查组在肇庆市水务局以及广宁、怀集县人民政府、水务局的配合下，对新建贵阳至广州铁路项目（广宁、怀集段）进行水土保持监督检查。检查中，就存在的主要问题提出了相应的整改意见。
    存在的主要问题有：弃渣场的拦挡、排水等水保措施不够完善，存在水土流失和安全隐患。未开展水土保持监测工作，未交纳水土保持补偿费，未按规定向有关流域机构、省级水行政主管部门定期报告水土保持工作情况。
    整改意见：加强弃渣场拦挡、排水等水保措施的建设，加快建设进度。尽快委托有资质的水土保持监测单位开展水土保持监测工作，并及时向珠江水利委员会、长江水利委员会以及贵州省、广西壮族自治区、广东省水利厅提交监测报告，水土保持监测报告同时抄送沿线有关市县水行政主管部门。及时缴纳水土保持补偿费。定期向珠江水利委员会、长江水利委员会以及贵州省、广西壮族自治区、广东省水利厅报告水土保持实施情况。按照批复的水土保持方案对全线的水土保持措施实施情况进行全面排查，特别是弃渣场、取土场、高边坡、施工场地、便道等区域以及施工周边的江河湖库、水源保护地的各项水保措施，要按照“三同时”的要求，抓紧实施到位，消除水土流失及安全隐患。加强对施工单位的检查、督促管理。做好资料管理和存档，做好水土保持工程竣工验收的准备工作。