近年来，北京市水土保持工作坚持以水源保护和服务三农为中心，构筑生态修复、生态治理、生态保护三道防线，着力建设生态清洁小流域，服务流域经济发展，取得了重要进展，并受到国外关注。日前，科技部中德合作项目“密云水库流域水土流失和面源污染防治研究”项目正式启动，德方专家与北京市水土保持工作总站合作开展专题研究。主要内容是围绕建设世界城市，引入欧盟近自然治理理念，借鉴《欧盟水框架指令》标准和流域管理机制，探索和确立生态清洁小流域建设与国际接轨的工作思路，在密云水库流域开展水体非点源污染认定、建立地表水和地下水污染物监测体系、利用IWAN模型对污染源地区进行防治设计和环境评估等。 2009年，北京市水务局对生态清洁小流域建设十分重视，7个山区县共建成了31条各具特色的生态清洁小流域，治理水土流失面积330平方公里，取得了显著的生态、经济和社会效益。延庆县建成9条生态清洁小流域，改善项目区生态、生活环境，大力实施封禁治理，植被覆盖率达到85%，水土流失治理率达到90%，加快了小流域农、林、牧、副和第三产业的发展。门头沟区以科技助力生态清洁小流域建设。目前，98%的山区面积，首都的生态涵养区，境内101公里的永定河，都是门头沟区建设生态清洁小流域的重要切入点。通过建成生态清洁小流域高山坡地玫瑰园蓄水保墒科技试验示范工程，积极探索适宜保护水源、节水、保土固土、特色产业等于一体的特色生态清洁小流域建设模式，服务于区域经济发展。平谷区采取垃圾处理、污水处理和河道清理等措施，建成6条生态清洁小流域，有效保护地下水资源，改善山区生态环境，促进人与自然和谐，为山区旅游、观光营造了良好条件。密云县清洁小流域建设涉及7条流域，结合新农村建设、生态旅游、发展采摘业，以打造周边旅游环境为重点，以村容村貌整治、环境绿化美化为亮点，科学配置各项措施，充分保护了密云水库水源。怀柔区召开“一事一议”议事会，制定“乡规民约”，建立小流域管护制度，精细化建设与管理生态清洁小流域。昌平区和房山区在生态清洁小流域建设中，注重多种措施相结合，建设农村污水处理设施，增加雨水和洪水利用，大力整修梯田和发展经济林，推动乡村环境综合整治，为山区经济发展奠定了基础。